Para descontar um adiantamento, optei por colocar o artigo/serviço com o respectivo código, mas com a quantidade igual a -1.

Na impressão, os campos QTD, PREÇO, DESC, TOTAL e IVA da respectiva linha não aparecem.

Ao editar o template para descobrir uma solução, verifiquei que o atributo "Visibility" dos mesmos é dependente da "Expression" que testa se o campo QTD é maior que 0.

Optei por remover a "Expression" e colocar estes campos como sempre visíveis.
Testei a criação do SAFT e a sua validação no Portal das Finanças com sucesso.

No entanto, apesar de ter sido bem sucedido, gostaria de confirmar se não há problema em ter removido a "Expression", uma vez que por algum motivo ela lá estava.